En el transcurso del último siglo, la colonización por campesinos provenientes de diferentes partes del país, que han invadido gran parte del territorio indígena en las partes medias, bajas y planas de la Sierra Nevada, ha causado grandes daños a la ecología del macizo. Estos campesinos venían huyendo de la distintas guerras civiles que azotaban al país. En los años 70 y 80 el cultivo de marihuana y el luego el cultivo de la coca para fines ilícitos atrajeron nuevamente la atención de mayor número de colonos, estableciéndose así un cinturón campesino en las faldas medias y bajas de la Sierra Nevada que hoy en día se calcula en 210.000 personas. La introducción de prácticas de tumba y quema indiscriminada de bosque, la formación de potreros y pastizales para la ganadería, la consolidación del cinturón cafetero, la constante extracción de madera fina y la expansión de cultivos ilícitos han ido destruyendo la mayoría de los bosques así como la riqueza y variedad de fauna y flora. Actualmente solo el 12% de los 21.000 km2. de la Sierra Nevada se conservan en bosques primarios no alterados.

Esta inmensa deforestación ha causado la erosión de suelos y la consecuente sedimentación de las cuencas de los ríos, y la desaparición de numerosas especies de plantas y de animales, muchos de ellas únicas en el mundo. Peor aún es la perdida de Sitios Sagrados que tienen un papel esencial en el mantenimiento del equilibrio ecológico y la cultura nuestra. Cuando los Sitios Sagrados son transformados por la acción del Hermano Menor se limita el conocimiento de la Ley de Origen, y de las prácticas ceremoniales que implica cada Sitio Sagrado.

La toma de zonas planes, bajas y medias de la Sierra Nevada también ha causado el desplazamiento de los indígenas hacia las partes altas de la Sierra, y ha impedido su acceso a las zonas templadas y cálidas, con lo cual se limita la posibilidad de ejercer el manejo tradicional de la agricultura, basado en un vasto conocimiento de la ecología de la Sierra Nevada y de la astronomía. Donde nuestros pueblos han podido mantener las practicas tradicionales de organizar verticalmente la agricultura, integrando así la cosecha de diferentes cultivos a las distintas alturas de la Sierra Nevada (maiz, ahuyama, frijol, batata, plátano, yuca en la parte baja; arracacha, malanga, cañukia en las partes medias; cebolla, ajo, y papa, en las partes altas), igualmente han podido mantener su integridad cultural en forma completa. Y donde nuestros pueblos han perdido la posibilidad de mantener la integridad vertical de la agricultura han sufrido cambios fuertes en su identidad cultural. La agricultura es fundamentalmente asociada con el tejido social.

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